Este problema me ha traído de cabeza muchas veces, ya que se presenta de diferentes maneras pero siempre tiene (en mi caso) un denominador común:
En la raíz del dominio está instalado WordPress y quiero hacer algo (que no tiene que ver con WordPress) con una carpeta dentro de ese dominio
El problema a veces aparece simplemente al crear la carpeta, que es cuando vemos que es imposible acceder al directorio en cuestión ya que nos sale un error 404 de WordPress. Otras veces el error 404 ocurre cuando creamos un .htaccess en la carpeta. (Porque queremos protegerla usando .htpasswd o por cualquier otra razón)
Si estas en uno de estos dos casos y has probado todos los trucos que has podido encontrar por internet (y que a mi al menos no me han funcionado), te traigo (espero) la solución:
Editar el .htaccess de WordPress, cambiando levemente la última línea del Rewrite
# RewriteRule . /index.php [L] #Linea Original
RewriteRule ./ /index.php [L] # Nueva Linea
Tras hacer esto debería funcionarte correctamente el contenido del directorio (incluso si le pones un .htaccess dentro).
Espero que le sirve a alguien, y os ahorre horas de búsqueda, pensamiento, reflexión y demás cosas 😉